1994年 在已有信息学科系、所基础上建立信息科学技术学院

1996年 在已有机械类学科系、所基础上建立机械工程学院

1999年 恢复建立法学院

原中央工艺美术学院并入，成为清华大学美术学院

2000年 在已有土木水利类学科系、所基础上建立土木水利学院

在公共管理系的基础上建立公共管理学院

2001年 建立医学院

2002年 在传播系基础上建立新闻与传播学院

2003年 原隶属信息产业部的华信医院（原酒仙桥医院）和玉泉医院正式并入

2004年4月正式挂牌，分别成为清华大学第一附属医院和第二附属医院

2004年 在工程力学系、宇航技术研究中心等基础上建立航天航空学院

2006年 中国协和医科大学更名为“北京协和医学院(清华大学医学部)”